Το τοπωνύμιο Άγιος Ιωάννης αναφέρεται ήδη από το 1530 στους χειρόγραφους πορτολάνους της Βιβλιοθήκης της Βουλής των Ελλήνων και σε αυτόν της Ζαγοράς του Πηλίου, ενώ σχετική αναφορά υπάρχει και στον πρώτο έντυπο πορτολάνο του Δ. Τάγια (Βενετία 1573). Στους χάρτες του Ρωσικού Στόλου που αποτυπώνονται οι εγκαταστάσεις των Ρώσων στον κόλπο της Νάουσας (1770-1774) και σε χάρτες λίγο μεταγενέστερους (1776 Gouffier) στη θέση της μονής σημειώνεται ένα κτήριο χωρίς όμως κάποια ένδειξη ότι πρόκειται για μοναστήρι ή εκκλησία.
Επιγραφή στο καθολικό της μονής αναφέρει ανακαίνιση από το μοναχό Ιωσάφ στις 16 Ιουνίου 1806. Από έγγραφα των πρώτων επαναστατικών χρόνων με την υπογραφή του Παριανού Π. Δημητρακόπουλου, Φιλικού και Yπουργού των πρώτων επανασταστικών κυβερνήσεων, γνωρίζουμε πως στο χώρο της μονής λειτουργoύσε «λαζαρέτο» για τα πλοία που φτάνουν στην Πάρο. Το 1833 με το νόμο της Αντιβασιλείας του Όθωνα περί μονών το μοναστήρι εγκαταλείπεται από τους μοναχούς. Το 1964 εγκαθίσταται στον Άγιο Ιωάννη με άδεια της εκκλησιαστικής και κοινοτικής αρχής η Ολλανδή ζωγράφος Gisele D’ Ailly, η οποία με διαλείμματα θα παραμείνει στο χώρο μέχρι το 1982. Στο διάστημα αυτό επισκευάζει και συντηρεί το κτήριο της μονής και των γειτονικών κελιών.
Το μοναστήρι του Αγίου Ιωάννη του Δέτη πανηγυρίζει στις 29 Αυγούστου, ημέρα αποτομής της κεφαλής του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου. Την παραμονή στον Εσπερινό συγκεντρώνονται πολλοί προσκυνητές που ξενυχτούν μέχρι τις πρώτες πρωινές ώρες. Το προσωνύμιο Δέτης, σύμφωνα με τον ιατρό – λαογράφο Όθωνα Κάπαρη, προήλθε είτε εξ αιτίας της αγκυροβόλησης πολλών πλοίων στον φυσικό αυτό κόλπο είτε εξ αιτίας της ιδιότητας του αγίου να «δένει» (θεραπεύει) την ελονοσία, που τον 18ο και 19ο αιώνα ταλαιπωρεί τους κατοίκους της Νάουσας.